Из двух вариантов предпочтительнее первый. Это просто формула такая: "I was wondering...", "We were wondering...". Примерно так же, как по-русски мы употребляем формальное прошедшее время: «Хотел вас спросить...». Впрочем, по-русски можно и в настоящем времени это сформулировать («Хочу спросить...»), а по-английски Present Continuous во фразе с вопросом или предложением звучит гораздо реже, чем Past Continuous. В этом легко убедиться по поиску в корпусах: так, в корпусе американского английского поиск фразы "we were wondering if/whether" даёт 213 результатов, а фразы "we are wondering if/whether" — только 13, причём ни один из контекстов не выражает вежливой просьбы, а скорее недоумение.