Д.И. ЕРМОЛОВИЧ:
Разница в значении смыслов этих фраз объясняется различием в значениях глагольных временных форм. В первом случае did not shoot — простое прошедшее (Simple Past, оно же Past Indefinite). Кроме того, нужно помнить, что в английском языке отрицанию труднее, чем в русском, оторваться от глагола, даже если отрицается не действие, а другой компонент высказывания. Здесь отрицание по смыслу относится к слову Booth.
Во второй фразе глаголы стоят в форме сослагательного наклонения. А отрицание относится к действию.
Перевод:
1) Если Линкольна застрелил не Бут, тогда это сделал кто-то другой.
2) Если бы Бут не застрелил Линкольна, тогда это сделал бы кто-то другой.