Здравствуйте, Дмитрий Иванович. Спасибо большое за ответ.

Приведу несколько вымышленных примеров (заранее прошу прощения за возможную несуразность).
В английском тексте пишем "Gas laser ionization setup" (GLIS)". Правильно ли при переводе на русский писать "установка "ГЛИС"? Или  все-таки "установка GLIS"? 
SASHA (systematic superheavy elements analysis) separator - сепаратор "САША". То есть получается "перевод" на русский язык в той же фонетической оболочке, в какой название звучит по-английски, а не передача его эквивалентным
русским сокращением.
Или наоборот: Лазерный анализатор высокого разрешения (ЛАВР) переводится как "high-resolution laser analyzer LAVR".
Проблема в том, что названия уже устоялись, и если начать подбирать эквивалентные русские/английские сокращения, то можно внести путаницу.

Спасибо.

Д.И. ЕРМОЛОВИЧ:
Те наименования, что Вы привели, являются аббревиатурами от категориально-описательных наименований и, строго по правилам, должны бы передаваться аналогичными аббревиатурами от русского перевода. Для примера: LHC (Large Hadron Collider) — БАК (Большой адронный коллайдер).
Но практика профессионалов — всё же главный критерий. Если в реальной деятельности уже используются исходные аббревиатуры, не стоит их заменять, но, с моей точки зрения, не нужно и транслитерировать на русский язык. Дело в том, что такая транслитерация даже и не всегда возможна: например, WCS (waste collection system) — как это передать? «ВЦС»? Сомнительно и некорректно.
Иными словами, если техническая аббревиатура закрепилась в практическом использовании, используйте её в тексте в исходном (т.е. в данном случае английском) написании.
Что касается передачи с русского на английский, то, поскольку в английском тексте кириллица почти никогда не используется (хотя мне известны и исключения), в аналогичных случаях, если неуместно создание аббревиатуры от английского перевода, приходится транслитерировать русскую аббревиатуру.

Дмитрий Иванович, спасибо Вам большое!