Татьяна, ответ на Ваш вопрос заключается в том, что формированием иноязычных соответствий для аббревиатур, являющихся сокращёнными наименованиями спецслужб, занимаются в первую очередь не лингвисты или переводчики (которые могли бы руководствоваться какими-то правилами и научными принципами), а политики, журналисты и сами спецслужбы. Это понятно: ведь когда такие аббревиатуры возникают на языке оригинала, именно в сообщениях спецслужб и политических ведомств (поначалу часто секретных) о них впервые докладывается политическому руководству. Ну, а затем, когда они входят и в общеполитический дискурс, общество фактически стоит уже перед фактом сложившегося «в верхах» и ведомствах употребления. Те же, кто стоит у истоков этой русской версии, руководствуются самыми разными причинами и соображениями: личным вкусом, удобством (или неудобством) транслитерации, благозвучием.

Например, мне кажется, что CIA плохо поддаётся транслитерации (неясно, как транслитерировать английское C — «Ц», «С», «К»?), и, возможно, именно поэтому аббревиатура образована от русской кальки (ЦРУ), а вот MI5 транслитерируется легко («МИ-пять» навевает даже музыкальные ассоциации). Так что строгой системы в этой области межъязыковых соответствий, увы, нет. Но не исключаю, что если углублённо исследовать вопрос благозвучности соответствий, то можно и нащупать какую-то закономерность.

Я ничего не имею против цитирования этого ответа (при наличии корректной ссылки).