Сначала попробую ответить на все Ваши наблюдения в целом. Ни один набор правил не исчерпывает всего многообразия сложных случаев передачи ИС с одного языка на другой. Конечное решение в каждом конкретном спорном случае принимает, разумеется, переводчик, опирающийся на свой опыт, научные знания и предполагаемого пользователя. А теперь к конкретным вопросам.

1. Если практика привела к формированию эквивалента, который не знает вариантов, то, видимо, следует считать, что в традицию вошло нерегулярное соответствие, допускающее исключение из правил, и следовать ему.

2. Тут как раз всё просто и регулируется правилами. По правилам, букву, которая читается как нейтральный звук в безударном слоге, при передаче на русский следует транслитерировать. Произношение буквы е в безударной позиции как [ɪ] — это вариант нейтрального звука. Данное имя вполне можно произность как [ə’leɪn]. Таким образом, букву е следует транслитерировать, что приводит к варианту Эллейн.

3. Думаю, что нужно всё-таки попытаться определить, какой из орфографических вариантов наиболее корректен или хотя бы преобладает, а затем последовательно воспроизводить написание этого варианта. Так как префикс Van имеет корни в нидерландском (голландском) языке, при передаче с которого дефис обычно не ставится, то я бы в подобных случаях обошёлся без дефиса.

4. И в моей монографии, и в «Правилах» как раз и написано, что финальное -s в топонимах может передаваться по-русски буквой с, несмотря на звонкое произношение в исходном ИС. В то же время это отклонение от общего правила фонетической передачи, и я вижу необходимость в постепенном отказе от данного отклонения. «Словарь географических названий», упоминаемый Вами, — уже устаревший источник. Есть источники (к примеру, сайт GISMETEO), которые в ряде случаев (хотя, должен признать, не во всех) используют более корректную транскрипцию, напр. Кайахога-Фоллз, Форт-Коллинз. Надо признать, что на российских картах топонимы с английского обозначены крайне непоследовательно. Привожу здесь фрагмент карты, где соседствуют «Алегзандрия» (я бы, возможно, в этом случае отказался от фонетической передачи в пользу традиционной передачи — слишком сильна ассоциация с известным городом в Старом Свете) и «Солсбери» (почему не «Солзбери»?). Согласитесь, нужна унификация, и в отношении передачи s я вижу её на пути фонетически ориентированной практической транскрипции.