Елена, чтобы дать корректный ответ, нужно прежде всего разобраться в содержании понятия. Согласно расшифровке квалификации,

Инженер-математик осуществляет проектную и исследовательскую деятельность в области создания математических моделей и программ управления объектами и процессами, разработки математического обеспечения вычислительной техники; формулирует задачи, связанные с управлением производством, экономическими системами, создает программное обеспечение управляющих и информационных систем.

Другими словами, это математик, который занимается не абстрактной или, скажем, физической математикой, а математическим обеспечением прикладных инженерно-производственных задач. Собственно проектным инженером такой специалист не является, он лишь должен ориентироваться в научном аппарате инженерных задач, но сам такие задачи, как правило, не ставит и не решает (такими решениями занимаются другие его коллеги и передают их нашему специалисту для математического обсчёта). Поэтому applied mathematician представляется приемлемым переводом. Но я понимаю Ваши сомнения: ведь прикладная математика — более широкая область, чем инженерная. Что ж, с предложенным Вами соответствием engineering mathematician, пожалуй, можно согласиться. Вероятно, для каких-то целей приемлемо и соответствие с написанием через косую черту: engineer/mathematician.