Приветствую, Андрей! Ну что ж, давайте разбираться. Первый случай Past Perfect в Вашем примере — следующее предложение в первом абзаце:

The guy up there was Tom, and after the bars had closed and they had returned home, the fights would start in earnest.

Здесь всё понятно: перфект обозначает предшествование: после закрытия баров и возвращения парочки домой они обычно начинали скандал (обычность, повторяемость действия здесь подчёркнута формой с would: they would start in earnest; ... And he would shout at her).

Начало другого эпизода обозначается наречием once, а конец — словом abnormal. Всё, о чём там рассказывается, произошло до какого-то момента в прошлом — момента, в который мальчик об этом вспоминает. Отсюда и формы Past Perfect и одна форма Past Perfect Continuous: had awakened, had spoken, has said, had shaken, had been a week ago, had been better, had been working — обозначим эти формы как «цепочка 1». Да, получается, что это прошлое в прошлом. Неожиданным может показаться то, что в цепочку этих форм вклиниваются формы как бы простого прошедшего времени: slept, caught, started — обозначим их «цепочка 2». Строго говоря, в цепочке 2 тоже должны быть перфектные формы, но в естественной речи (особенно, если это подражание речи ребёнка), если повествование состоит из серии действий, то вспомогательный глагол может при некоторых глаголах опускаться, особенно тогда, когда II и III формы этих глаголов совпадают, что мы и имеем в случае цепочки 2. В цепочке 1, напротив, II и III формы глаголов отличаются друг от друга, поэтому автор употребляет полные перфектные конструкции.

Вы спрашиваете, а можно ли во втором абзаце всё написать в Past Simple? В принципе можно, но здесь, видимо, автору важно было, что все описываемые события как бы накапливались и вылились в некоторый итог — It was bad for the boy. Для этого важно подчеркнуть предшествование, отсюда и Past Perfect.