Уважаемая Эмма!
Начну с последнего Вашего вопроса: «где примечание "Приложения составлены Ермоловичем Д.И." нужно понимать буквально?»

Я не знаю, что Вы имеете в виду под «буквальным» пониманием слова, но данное примечание во всех случаях следует понимать согласно первому (и основному) словарному значению слова составить, а именно:

соста́вить сов., что. 1. Собрав, соединив, объединив что-н., образовать какое-н. целое. Составить фразу. | Составить сборник постановлений. | Составить задачник.
(С. И. Ожегов «Толковый словарь русского языка»)

Есть люди, которые понимают слово составить почему-то в значении ‘создать впервые’ или ‘придумать’ и приписывают мне употребление данного слова в этом смысле. Я могу только посоветовать им иногда заглядывать в словари. Что касается меня, то я действительно составил эти таблицы — то есть собрал, объединив в единое целое материал из разных источников, среди которых справочник Гиляревского и Старостина — далеко не единственный.

Более того, когда это удавалось, я привлекал к работе над этими таблицами авторитетных учёных, специалистов по соответствующим языкам, чтобы уточнить спорные моменты. В 2016 году новая редакция таблиц была издана в виде справочника «Правила практической транскрипции имён и названий с 29 языков на русский и с русского на английский». В предисловии к этому справочнику (с. 3) указаны имена основных специалистов, внёсших свой вклад в уточнение и дополнение «Правил», хотя я проводил и некоторые собственные дополнительные исследования, а также учитывал многочисленные письма читателей моей сайта.

Конкретно по проблемам португальско-русской транскрипции можно прочитать около десятка материалов на сайте, стоит только ввести в окошечко «Поиск по сайту» слово португальский. Вынужден повторить то, что уже писал в одном из материалов:

Взгляды на многие вопросы транскрипции и транслитерации у разных специалистов расходятся: то, что одни считают правильным, другие могут воспринимать иначе. Часто в действие вступают и трудноразрешимые противоречия между тем, что вроде бы уже принято и давно практикуется, и какими-то новыми подходами к передаче имён. Так что, смею Вас заверить, замечания будут появляться всегда, как бы тщательно ни корректировалась и ни проверялась консультантами любая новая версия правил.

Теперь — к Вашему первому вопросу. Инструкции ГУГК, возможно, и сохраняют формальную нормативность из-за того, что никем официально не отменялись, но фактически устарели и мало где соблюдаются в реальной практике потому, что они были созданы без координации с разработками, охватывающими имена собственные вообще, а не только топонимы. Приведу один пример: по инструкциям ГУГК, наименование города Jacksonville следует по-русски транскрибировать как Джэксонвилл (через э). При этом город получил своё имя в честь Эндрю Джексона (Andrew Jackson), первого военного губернатора Флориды и впоследствии седьмого президента США. Не странно ли: в честь Джексона — город Джэксонвилл? Даже русская Википедия, старательно пытающаяся выдерживать транскрипцию по ГУГК, нет-нет да и сбивается на написание Джексонвилл.

И вот ещё интересный факт: изданный 30 лет назад Каталог действующих нормативных и методических документов по стандартизации географических названий. (М.: Картгеоцентр — Геодезиздат, 1995) перечисляет более сотни (!) документов (инструкций и словарей), призванных стандартизировать транскрипцию на русский названий с разных языков, но при этом указывает:

В настоящий каталог вошли только те документы, которые не потеряли своей актуальности до настоящего времени (выделено мною. — Д.Е.)

На основе каких критериев определяется актуальность документов или её утрата, не указано. Итак, ещё в 1995 году многие инструкции считались утратившими актуальность. Что же говорить в наше время!

Резюмирую: на сегодняшний день ситуация такова, что единые стандарты практической транскрипции имён собственных с иностранных языков на русский, которые имели бы обязательную силу, в нашей стране отсутствуют. Плохо это или хорошо — вопрос отдельный (в целом, наверное, плохо; но учитывая, что с мнением лингвистов регулирующие органы считаются редко, может, и не так плохо — особенно на фоне «нормативов» для передачи имён с русского на латиницу, которые придумало МВД для наших загранпаспортов).

Поэтому, чтобы придерживаться более или менее единообразной системы, каждый автор волен выбирать для себя нормативный источник: хотите — руководствуйтесь инструкциями ГУГК, хотите — Википедией или другой энциклопедией, а хотите — моим справочником, учитывая хотя бы то, что над ним работал не только автор — доктор филологических наук, но и научный редактор — профессор С. Г. Ваняшкин, а также то, что в своё время эта работа (в составе монографии) получила гриф «рекомендовано Учебно-методическим объединением по образованию в области лингвистики Минобрнауки РФ».

В идеале, если и когда государство сочтёт вопрос актуальным, желательно было бы создать набор стандартов ПТ (периодически обновляемый) усилиями коллектива авторитетных лингвистов. Ну, а пока имеем то, что имеем.