Д.И. ЕРМОЛОВИЧ:
Действительно, нет такого единого принципа, который проводился бы для транскрипции с разных языков. И, пожалуй, Вы правы в том, что это результат разработки систем для каждого языка разными специалистами. Могу добавить ещё имена и названия на [jo]: с английского их передают через Йо (например, Йоркшир), а с японского по правилам требуется применять Ё (например, Ёсико). Из-за этого, например, не прекращается «битва» между написаниями Тоёта и Тойота (дискуссия по этому поводу отражена здесь).
Если же разрабатывать какую-то транскрипцию «с нуля», то я бы отдал предпочтение написанию «й+гласная», потому что оно согласуется с принципом «две фонемы — две буквы». (Известно, что отражение йотации гласного одной буквой даже среди славянских языков характерно только для русского и украинского письма, причём в последнем это сделано более последовательно, поскольку йотированное и нейотированное произношение там отражают разные буквы. Кстати, в английском языке тоже имеется данный феномен: вспомним произношение u в начале слова (unit, use). Впрочем, к транскрипции на русский это не имеет отношения.)

Большое спасибо за ответ! Но остаётся непонятным, как можно проводить принцип «две фонемы — две буквы», если "ja-" наиболее естественно передавать как "Я-". Есть, конечно, "библейская" традиция, но библейские имена пишут теперь с И вместо прежнего I (Иаков, Аиалонская долина), а оно слогообразующее...

Д.И. ЕРМОЛОВИЧ:
Сплошь и рядом приходится идти на компромиссы и исключения. Либо надо сделать исключение для я и ю, либо писать иа, иу (по аналогии с Иаковом, Иудеей, игнорируя слогообразующие свойства гласных). Правила практической транскрипции — это всегда условная конвенция. Главное, чтобы эти правила были по возможности единообразны и формулировались на основе разумного компромисса между противоречащими друг другу принципами и традициями (а такие противоречия в этом вопросе неизбежно возникают).