Д.И. ЕРМОЛОВИЧ:
Думаю, что надо следовать нормативной транскрипции. То, что отдельные японцы заменяют Р на Л, — скорее всего, их личные представления о романизации их имён (известно ведь, что эти звуки представляют собой единую фонему в японском языке). Видимо, они думают, что буква L лучше представляет японский согласный; ведь по-английски /r/ — очень слабый фрикативный звук, образуемый без соприкосновения языка с дёснами, в отличие от /l/. Но наш русский звук /р/ совсем иного качества, поэтому на русскую транскрипцию такая практика влиять не должна.

Несколько дополню свой вопрос. Лично у меня две причины вызывают сомнения в использовании в таких случаях стандартных правил:
1)"Международность" таких имён. То есть когда автор/продюсер/издатель намеренно вносят изменения в имена для отдельных рынков, предавая тем самым единый официальный стандарт в передаче имени этого человека. Должна ли русскоязычный сегмент выделяться в таком случаи? Тот же самый Рэйдзи Мацумото закрепился у нас именно в своём искажённом виде(Лэйдзи). Именно так его именуют в искусствоведческих профессиональных работах и в любительских переводах. 
2)Творческий посыл таких изменений. И тут уже второй мой пример певица Руна Харуна, которая за пределами Азии известна, как Luna, то есть прямая отсылка к латинскому наименованию луны, что придаёт имени большую глубину.

Д.И. ЕРМОЛОВИЧ:
В межъязыковой передаче имён есть общие правила, но конкретные решения всегда принимаются с учётом комплекса факторов, среди которых и эвфония, и традиция, и функционально-структурные особенности, и другое (не буду перечислять то, что подробно изложил в книге "Имена собственные: теория и практика межъязыковой передачи"). Каким-то из этих факторов, если они достаточно значимы, может отдаваться предпочтение перед нормативами правил.

В частности, ассоциация имени певицы с Луной (если такая ассоциация действительно в это имя закладывается и обыгрывается) — серьёзный аргумент в пользу именно такой транскрипции.

Что касается частотности варианта, противоречащего правилам, в искусствоведческих работах, то для меня это ещё не окончательный аргумент. Искусствоведы далеко не всегда разбираются в лингвистике, и твёрдая позиция переводчика, бывает, способна изменить ошибочную практику.

Но бывает и так, что часто повторяемая ошибка приводит к формированию традиции, которую уже не "перешибить", а остаётся только ей следовать. Тут уж Вам, как специалисту, виднее.

Спасибо за ответ!